LE PROJET
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CONTEXTE
L’iteipmai travaille depuis de nombreuses années sur la création variétale lavande avec des succès en terme de rendement et de qualité car les 3 variétés populations iteipmai Rapido, Carla et Saralia (en début de développement) représentent environ la moitié des surfaces lavandes et la totalité des surfaces de Lavande population. Bien que les géniteurs de ces variétés synthétiques aient été choisis pour leur apparente tolérance au Stolbur, elles ne répondent pas encore aux exigences de la production. Le dépérissement reste un problème complexe à travailler sur le plan génétique, il manque des outils pour développer des variétés innovantes et résistantes.
Pour cette raison, l’iteipmai a lancé le programme Génoparfum (CASDAR RT, lauréat 2015) en collaboration avec l’INRA EPGV, le CRIEPPAM et Végépolys. Ce programme a permis de séquencer les parties codantes du génome (Unigene puis Genespace) des lavandes Maillette et Diva et du lavandin Grosso et d’identifier plus de 30 000 SNP sur 8 000 gènes dont la fonction codante a été validée par comparaison avec des bases de données mondiales. Ces données ont ensuite été utilisées pour séquencer les ADN d’une collection de lavandes .
Afin de valoriser ce programme et dans le but d’identifier les gènes intervenant dans la tolérance au Stolbur, il est nécessaire de prolonger ce travail sur les outils moléculaires.
OBJECTIFS
Identifier, par une étude de génétique d’association, des variations du génome de la lavande, impliquées dans la variation de caractères d’intérêt pour à terme optimiser et raisonner les schémas de sélection chez la lavande.
Mettre en place de nouveaux outils clés pour construire de nouveaux schémas de sélection (carte génétique, maitrise du croisement contrôlé par castration et pollinisation manuelle).
MOYENS
- Caractérisation d’une collection de population de lavande représentative de la diversité de l’espèce et recherche d’associations phénotype / génotype
Création d’une collection d’étude
Clonage de la collection d’étude
Phénotypage de la collection d’étude « adulte »
Phénotypage des collections d’étude « jeunes »
Génotypage de la collection d’étude sur la base de marqueurs SNP pour l’analyse de la structuration génétique et les études de génétique d’association dans cette collection
Etude d’association par une approche gène candidat pour l’identification de gènes impliqués dans les caractères d’intérêt majeur pour la lavandiculture
- Développement d’outils méthodologiques permettant de favoriser la caractérisation et l’exploitation de la variabilité génétique de l’espèce lavande
Etablissement d’une carte génétique du génome de la lavande
Mise au point d’une méthode de croisement contrôlé de la lavande
RESULTATS ATTENDUS
- Développer un catalogue de marqueurs moléculaires SNP (Single Nucleotide Polymorphism) associés aux 3 principaux caractères d’intérêt
- Disposer d’une carte génétique « lavande » de référence et d’une procédure pour diriger le croisement entre 2 géniteurs
- Mettre en place de nouveaux schémas de création variétale
📰 RESULTATS
↣ Compte-rendu final du projet : Résumé & compte-rendu complet
↣ Catalogue des descripteurs pour le phenotypage de la lavande >>> A télécharger
↣ Description des stades de floraison de la lavande vraie :
↣ Dossier thématique : "SELECTION VARIETALE DE LA LAVANDE ET DU LAVANDIN : Synthèse des connaissances acquises sur la diversité génétique en lavande."
↣ Article scientifique publié dans PLOS ONE :
- Quick and efficient approach to develop genomic resources in orphan species: Application in Lavandula angustifolia. (Berline Fopa Fomeju, Dominique Brunel, Aurélie Bérard, Jean-Baptiste Rivoal, Philippe Gallois, Marie-Christine Le Paslier, Jean-Pierre Bouverat-Bernier
🎥 VIDEO(S)
https://youtu.be/IycBG6KnGR8 :
CONTACT(S)
Guillaume Frémondière (iteipmai)Benjamin Lemaire (iteipmai)Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.